Der Supercup wird seit 1994 ausgetragen und die SG war 1997 erstmals dabei. Ein Novum, denn die Flensburger waren weder Meister noch Pokalsieger. Die Regularien besagten: Gehen beide Titel (Meisterschaft und Pokalsieg) an denselben Verein, so ist der Finalist des DHB-Pokals spielberechtigt. Einzige Ausnahme war das Jahr 1997. Die SG durfte als Vizemeister antreten, weil der Pokalfinalist HSG Dutenhofen/Münchholzhausen damals in der zweiten Liga spielte. Ab 2009 wurde diese Regelung dahingehend geändert, dass der Meister regulär gegen den Vizemeister antritt.
Gegen den TBV Lemgo unterlag die SG aber nach Verlängerung mit 33:35. Drei Jahre später gegen den THW ging es besser. Flensburg gewann am 9. August in Hannover mit 20:19 und hatte den ersten nationalen Titel überhaupt errungen.
Der zweite Supercup-Sieg folgte 13 Jahre später, wieder gegen Kiel. Die SG trat erneut als Vizemeister an und gewann am 20. August in Bremen mit 29:26. Insgesamt waren die Flensburger noch fünf weitere Male dabei. Sie zogen aber jeweils den Kürzeren, zuletzt als Pokalsieger am 19. August 2015 in Stuttgart beim 26:27 gegen den THW Kiel.